Program PPTQ Miftahul Khoir terdiri dari 2 Program Unggulan dan 12 Program Pendukung.
Program Unggulan terdiri dari
- Tahfizh
- Tahsin
Sedangkan Program Pendukung diantaranya:
- Muhadhoroh / Public Speaking
- Kajian Kitab Kuning
- Al Kahfi Time
- Cleaning Together
- Riyadhoh / Olahraga
- Musabaqoh / Perlombaan
- OSMK (Organisasi Santri Miftahul Khoir)
- Tasmi Al Qur’an (1 Juz tanpa melihat mushaf)
- Shaum Sunnah Senin dan Kamis